Con el levantamiento de Riego en Cabezas de San Juan (Sevilla)   el año 1820, comenzaron las persecuciones a la Iglesia, y, aquí, con la expulsión de su Convento de los religiosos moradores, tras la restitución de la Constitución de Cádiz de 1812 que Fernando  VII había derogado.                                                                                                              

Tenemos noticias de lo acaecido en Cehegín, que llevó consigo la salida alborotada de los franciscanos de su convento de San Esteban, la subida de la venerada imagen de la Virgen de las Maravillas a la Parroquia Mayor de Sta. María Magdalena, de la colocación de la placa de la Constitución en el pórtico del templo y en la plaza donde se ubicaba el Ayuntamiento, que tantos nombres ha tenido, hoy Plaza del Castillo; ajusticiaron a dos serviles, que estrenaron el cadalso en Caravaca; tuvo lugar un encuentro entre serviles y liberales en el paraje conocido como Casas de don Juan Pedro; por querer escaparse de la cárcel, dispararon contra un tal ‘poca ropa’, que falleció; mataron los liberales por la casa de la Marrada a un tal llamado Galindo. Entre el día 17 de julio al 18 de agosto de 1823, hubieron seis alcaldes en la villa.

La llegada de los ‘100.000 hijos de S. Luis’ devolvió al rey Fernando su corona, y empezó otra nueva etapa de persecuciones, aunque de signo contrario; pero, eso sí: para la Iglesia y las Órdenes religiosas fue un periodo de paz hasta el año 1833, en que muerto el rey felón, en nombre de la reina Isabel II, de menor edad, gobernó su madre María Cristina de Borbón, que cayó en manos de los llamados cristinos liberales.

Y aquí comienza otra etapa de persecución a la Iglesia.

La exclaustración de las órdenes religiosas decretada por Mendizábal en el año 1833, y durante la minoría de edad de Isabel II, en cuyo nombre gobernaba su madre Mª Cristina de Borbón, causó inmensos quebrantos a los afectados, lo cual vino a empeorar con la llamada Desamortización, que consistió en despojar a la Iglesia y a las citadas órdenes religiosas de los bienes que habían recibido a través de los tiempos y venderlos en pública subasta para enderezar la economía del estado maltrecho desde los tiempos de Godoy, como alegaron.

La Desamortización, llevó consigo la floración de partidos políticos, y el nacimiento de una nueva burguesía, poderosa, entregada a los gobiernos como medio de conservar los bienes que habían adquirido en condiciones tan dudosas.

Al Convento de Cehegín afectaron naturalmente tales medidas y, solamente la postura valiente de Álvarez-Castellanos y de Chico de Guzmán lograron que ni el Convento ni el templo, por estar en extramuros, convertidos en ayuda de la Parroquia, fueran vendidos en pública y escandalosa subasta.

Fue en 1878, tras de la proclamación de Alfonso XII, cuando la provincia franciscana se restauró  en el Convento de Cehegín, por el padre Manuel Mª Malo, tras más de cuarenta años de desposesión.